東山の縁をすぐ背にして、いっくと立つ庫裡は、腰をかがめて坂を登りきった人々にも何かホッーさせるものをもっています。　白壁を鮮やかに区切る黒々とした用材、すっきりとした屋根の稜線が美しく、一歩敷居をまたいで上を向くと、天井のない吹きぬけ造りに、縦横に組み上げられた梁組の力強さ、幾何学的美しさが禅宗建築の特色をあらわしています。

　本坊の左手には唐破風の立派な大方玄関があります。この大玄関は特別な行事の時にのみ使用されます。大方玄関左手には書院が配され、方丈へと続いています。
　 この本坊は常住とも呼び衆僧生活の場であるとともに、臨済宗南禅寺派の宗務を取り扱う寺務所となっています。

　庫裏玄関を入ると正面に韋駄尊天が祀られています。また右手にある滝の間では清涼の滝を眺めながら抹茶(有料)を味わっていただくことができます。